Notre organisme contient des millards de bactéries, de virus et de champignons, constituant ainsi notre microbiote intestinal. Certaines de ces bactéries sont associées au développement de certaines maladies, alors que d’autres sont indispensables au bon fonctionnement du système digestif, du système immunitaire, du cœur, de la régulation du poids, et de nombreux autres aspects de la santé.

De nombreux facteurs peuvent influencer la composition de la flore intestinale, notamment les aliments que nous consommons, la consommation de médicaments dont les antibiotiques, le stress, la prise de probiotiques, ou encore l’activité physique.

Cet article est un guide sur le microbiote intestinal, pour expliquer son rôle, ses effets sur la santé de l’organisme, et ce qu’il faut faire pour restaurer une flore intestinale déséquilibrée.

Définition
Composition
Rôle
Facteurs perturbant le microbiote
Déséquilibre de la flore
Restaurer la flore
Alimentation
Probiotiques, prébiotiques et symbiotiques
Perte de poids et obésité
Stress et dépression
Sport
Test

Qu’est-ce que le microbiote ?

Le microbiote intestinal, également appelée flore intestinale, correspond à l’ensemble des micro-organismes qui vivent au sein de notre tube digestif. Plus de 1 000 espèces bactériennes résident dans le système digestif humain, soit plusieurs milliards de bactéries, sans compter les virus, les champignons et les autres microbes également présents. Notre microbiote a co-évolué avec notre organisme depuis des milliers d’années pour former une relation complexe et mutuellement bénéfique, qui joue un rôle essentiel pour notre bonne santé.

Les micro-organismes qui composent le microbiote intestinal vivent essentiellement au sein de l’intestin, du colon, de l’estomac, mais aussi au niveau de la bouche et de l’oesophage. Ils font donc partie intégrante de notre système digestif, et sont indispensables pour son bon fonctionnement.

En plus du microbiote intestinal, il existe un microbiote pour l’ensemble des muqueuses de l’organisme. Ainsi, des bactéries sont également présentes au sein de notre peau (microbiote cutané), notre bouche (microbiote buccal), nos poumons (microbiote pulmonaire), nos yeux, nos organes génitaux, et urinaires, permettant d’assurer le bon fonctionnement de ces différents organes.

Le microbiome intestinal, quant à lui, correspond à l’ensemble des gênes des micro-organismes présents au sein de notre système digestif. Le génome humain se compose d’environ 23 000 gènes, tandis que le microbiome humain encode plus de 3 millions de gènes, produisant des milliers de métabolites, influençant fortement le fonctionnement du corps humain.

Composition du microbiote intestinal

Le microbiote commence à se former durant la grossesse, in utero. Ensuite, le mode d’accouchement et d’allaitement sont considérés comme essentiels pour former un microbiote intestinal sain et diversifié. Nous savons que l’accouchement par césarienne, et l’absence d’allaitement au sein durant la 1ère année, perturbent le développement d’une flore intestinale équilibrée, associée à une bonne santé.

Après la naissance, le système digestif est rapidement colonisé, notamment grâce au lait maternel qui nourrit le microbiote avec des bactéries bénéfiques, jusqu’à ce qu’il soit complètement mature. De plus, le lait maternel contient tous les nutriments nécessaires pour favoriser la croissance du nourrisson, et le développement des bactéries. En effet, il contient notamment des oligo-saccarides, indigestes pour le nouveau-né, mais indispensable au développement des bactéries de la flore intestinale.

D’autres événements de la vie tels que la maladie, le traitement antibiotique, et les changements de régime alimentaire perturbent le bon développement du microbiote intestinal.

Durant les 3 premières années de la vie, la composition de la flore intestinale évolue constamment. Ensuite, elle devient relativement stable, avec seulement quelques légères variations pouvant se produire tout au long de l’enfance, de l’adolescence, de l’âge adulte et de la vieillesse.

De plus, chaque individu abrite une communauté de bactéries qui lui est propre. Chaque personne a donc son unique microbiote intestinal. Cette diversité microbienne varie en fonction de l’état de santé, le génotype, l’alimentation, le mode de vie, et l’hygiène de la personne.

Parmi les espèces les plus représentées dans notre système digestif, nous pouvons citer les Bacteroides, Bifidobacterium, Streptococcus, Enterococcus, Clostridium, Lactobacillus et Ruminococcus.

Enfin, la composition du microbiote intestinal diffère le long du tube digestif : la bouche, l’œsophage, l’estomac, le petit et gros intestin, et le côlon.

Quel est le rôle du microbiote ?

Le microbiote intestinal assure des rôles essentiels dans le fonctionnement de l’organisme :

Protéger l’organisme des infections par divers agents pathogènes.
Assurer la régulation et le développement du système immunitaire.
Participer à la régulation du poids, notamment en régulant la glycémie, le stockage des graisses, l’appétit, et le métabolisme.
Maintenir l’intégrité de la paroi intestinale.
Réguler l’inflammation.
Assurer une bonne digestion, une bonne absorption des nutriments, et certains vitamines et minéraux contenus dans nos aliments, comme la vitamine K, B9, B12, le magnésium, le calcium, et le fer.
Influencer le bon développement du cerveau, les émotions, et les comportements humains.

Ces différentes fonctions semblent s’expliquer par plusieurs mécanismes, parmi lesquels :

Acides gras à chaîne courte (AGCC)

Un des rôles du microbiote intestinal est de permettre la dégradation des fibres alimentaires non digestibles, le plus souvent certains types de glucides. Ainsi, les bactéries de la flore intestinale permettent de les dégrader en divers acides gras à chaîne courte, comme le butyrate, l’acétate, le propionate.

Ces acides gras jouent un rôle clé dans le maintien de l’intégrité de la paroi intestinale, ainsi que l’absorption de certains nutriments, vitamines et minéraux. Ils sont également une source d’énergie importante pour la muqueuse intestinale et essentiels pour moduler le système immunitaire de l’intestin.

De plus, les acides gras à chaine courte sont aussi libérés dans la circulation sanguine et atteignent les organes et tissus périphériques, où ils seront utilisés comme substrats pour le métabolisme énergétique. Ils influencent également différentes fonctions, comme par exemple la régulation de la glycémie, la fonction du foie (hépatique), la régulation de l’appétit, et la régulation de l’inflammation.

Tissu lymphoïde associé au tube digestif (GALT)

Le tissu lymphoïde associé au tube digestif, appelé GALT en anglais, est le plus grand organe immunitaire du corps. Il tapisse toute la paroi intestinale, et est impliqué dans la protection de l’organisme contre les agents pathogènes, et dans la régulation du système immunitaire. 70% de notre système immunitaire est ainsi localisé au sein du tube digestif.

Diverses études ont révélé que le bon fonctionnement du tissu lymphoïde associé au tube digestif dépend notamment du microbiote intestinal. Ce tissu est le lien essentiel entre le système immunitaire de l’organisme et notre flore intestinale. Il influence la production de cellules immunitaires, notamment les pro-inflammatoires, pouvant déclencher une inflammation au sein des articulations, des os, de la peau, du foie, du pancréas, du cerveau et même du système nerveux central.

Lorsque la flore intestinale est déséquilibrée, le système immunitaire peut alors être en constante alerte, et développer une inflammation chronique, à l’origine de nombreuses maladies comme l’obésité, le diabète, les maladies cardiovasculaires et neurodégénératives, et les cancers.

À LIRE: Comment réduire l’inflammation dans le corps naturellement ?

Qu’est-ce qui perturbe l’équilibre de la flore intestinale ?

Les différents rôles du microbiote intestinal sur le fonctionnement de l’organisme peuvent être perturbés lorsque la flore intestinale est altérée, ou déséquilibrée, un problème connu sous le nom de dysbiose.

La dysbiose intestinale est un terme large qui peut être défini comme le déséquilibre du microbiote intestinal associé à un résultat anormal. La dysbiose implique la perte d’un apport ou d’un signal microbien bénéfique et une expansion des microbes pathogènes. La dysbiose entraine des effets pro-inflammatoires et une dérégulation immunitaire associés à diverses maladies chroniques.

Le déséquilibre de la flore intestinale peut être provoqué par de nombreux facteurs :

Infection.
Alimentation riche en produits transformés, en sucres raffinés, en graisses animales, en édulcorants, et en conservateurs.
Prise de médicaments et d’antibiotiques.
Activité physique insuffisante et irrégulière.
Sommeil perturbé.
Stress chronique.
Mode vie (urbain ou rural).
Consommation de tabac et d’alcool.
Exposition à des agents toxiques, comme les métaux lourds, les pesticides, et la pollution de l’air.

En plus des ces facteurs, le mode d’accouchement et l’alimentation au sein avec le lait maternel chez le nourrisson sont deux éléments qui influencent l’équilibre du microbiote intestinal pour le reste de la vie.

Antibiotiques et médicaments

Un des facteurs les plus connus pouvant perturber la composition du microbiote est la prise d’antibiotiques. En effet, l’utilisation d’antibiotiques peut avoir plusieurs effets négatifs sur le microbiote intestinal, notamment une réduction de la diversité des espèces, une altération de l’activité métabolique, pouvant entraîner des troubles digestifs comme la diarrhée, ainsi que des infections récurrentes. Il existe également des preuves que la prise d’antibiotiques, chez l’enfant comme chez l’adulte, peut entraîner plusieurs affections gastro-intestinales, immunologiques, et neurocognitives.

Également, la prise de médicaments influence la composition du microbiote intestinal. Les médicaments qui semblent le plus perturber l’équilibre de la flore intestinale sont les anti-inflammatoires, les laxatifs, les anti-dépresseurs, la progestérone, les inhibiteurs de la pompe à proton, et la metformin.

Déséquilibre de la flore intestinale : les symptômes

Une flore intestinale déséquilibrée peut provoquer de nombreux symptômes, parmi lesquels :

Troubles digestifs (douleur abdominale, brûlure, reflux, diarrhée, ballonnement, constipation, nausée, vomissement).
Anxiété et dépression.
Fatigue chronique.
Intolérance alimentaire.
Inflammation.
Infections urinaires et vaginales.
Troubles cutanées (acné, psoriasis, eczéma).

De plus, de nombreuses maladies sont associées à une perturbation du microbiote intestinal, parmi lesquelles :

Maladies digestives chroniques, comme le syndrome de l’intestin irritable, ou la maladie de Crohn.
Maladies auto-immunes.
Certains cancers, comme celui du colon.
Diabète de type 2, et de type 1.
Obésité.
Maladies cardiovasculaires.
Maladies inflammatoires, comme la polyarthrite rhumatoïde.
Asthme et allergies.
Maladies neuro-dégénératives, comme Parkinson et Alzheimer.
Autisme.

Si vous pensez que vous souffrez de l’un de ces symptômes, vous devez en parler à votre médecin pour traiter votre condition. De plus, vous devez effectuer des changements dans votre mode de vie, notamment votre alimentation, votre activité physique, et votre stress.

Comment restaurer la flore intestinale ?

Il existe de nombreuses façons de restaurer votre flore intestinale, notamment :

Adopter une alimentation saine, équilibrée, et variée, avec des aliments riches en fibres et en prébiotiques.
Consommer des aliments fermentés.
Prendre un complément de probiotiques.
Limiter la consommation de produits industriels transformés et ultra-transformés.
Pratiquer une activité physique cardiovasculaire quotidienne.
Diminuer son stress.
Éviter la prise de médicaments et d’antibiotiques tant que possible.
Stopper la consommation de tabac et d’alcool.
Pratiquer régulièrement des activités de plein air, en nature.

L’ensemble de ces interventions vous permettront de modifier la composition de votre flore intestinale, dans le but d’améliorer sa diversité, et de la restaurer.

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Les aliments pour le microbiote intestinal

L’alimentation est l’un des facteurs qui influence le plus la diversité et l’équilibre du microbiote intestinal. Parmi les aliments conseillés pour une bonne flore intestinale, nous pouvons citer :

Aliments riches en fibres et en prébiotiques, comme les légumes et les fruits, les céréales complètes, les légumineuses et les graines.
Aliments fermentés, comme les fromages non pasteurisés, les yaourts, le kéfir, le kombucha, les légumes fermentés, la choucroute, le miso, ou le tempeh.
Aliments riches en polyphénols, comme les baies, les fruits rouges, le thé vert, le café ou le chocolat noir.
Aliments riches en acides gras polyinsaturés comme l’huile d’olive, l’avocat, les oléagineux et les graines.

À l’inverse, certains aliments sont à limiter pour conserver une bonne flore intestinale :

Produits industriels transformés contenant des sucres raffinés, des graisses saturées et trans, des édulcorants, et des conservateurs.
Viandes rouges et charcuteries.
Alcool.
Aliments contenant des allergènes chez les personnes allergiques et intolérantes uniquement (gluten, lactose).

Adopter un régime alimentaire varié, équilibré, et riche en végétaux reste l’élément le plus important à considérer pour une bonne flore intestinale, et une bonne santé.

À LIRE: 8 aliments à consommer pour la flore intestinale

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Probiotiques, prébiotiques, et symbiotiques

Probiotiques

Les probiotiques sont des micro-organismes vivants qui, lorsqu’ils sont consommés confèrent un avantage pour la santé humaine, tout particulièrement sur la fonction digestive, et le système immunitaire. Ils sont connus sous le nom de “bonnes bactéries”, qui présentent diverses propriétés bénéfiques pour la santé, telles que :

Restaurer la flore intestinale.
Réduire les troubles digestifs (constipation, diarrhée, ballonnements).
Améliorer la digestion du lactose.
Réduire la diarrhée induite par la prise d’antibiotiques.
Aider à gérer les symptômes de certaines maladies intestinales, comme l’intestin irritable.
Soutenir le système immunitaire.
Diminuer le risque ou la durée des infections courantes, y compris les voies respiratoires, les intestins, et les voies vaginales.
Améliorer l’absorption de certains nutriments, comme la vitamine B9, la B12, le fer, le calcium, et le zinc.
Améliorer les troubles d’anxiété et de dépression.

Les recherches sur l’effet des probiotiques sur la santé restent très récentes, et les bénéfices retrouvés doivent être étudiés plus amplement pour en tirer des conclusions définitives.

Les probiotiques peuvent être consommés sous différentes formes :

Complément alimentaire avec des probiotiques.
Aliments naturels fermentés (yaourts, laits fermentés Kéfir ou Ribot, fromages non pasteurisés au lait cru, choucroute, kimchi, miso, tempeh, kombucha).
Produits alimentaires enrichis en probiotiques.

La consommation régulière d’aliments fermentés augmente la diversité du microbiote intestinal, et diminue les marqueurs de l’inflammation. Attention toutefois de vous orienter vers des aliments fermentés les plus naturels possibles, idéalement faits maison, peu ou pas transformés, et non chauffés.

Les probiotiques sont disponibles également sous forme de compléments alimentaires. Ils ont l’avantage de pouvoir être stockés facilement, et contenir une quantité et une diversité d’espèces bactériennes précisées sur l’emballage. Cependant, la qualité des compléments de probiotiques varient fortement d’une marque à l’autre. Traditionnellement, les Lactobacillus et les Bifidobacterium sont les espèces bactériennes les plus utilisées dans les probiotiques.

Pour bien choisir vos probiotiques, il est très important d’utiliser un produit étayé par des preuves scientifiques concernant les bienfaits que vous recherchez pour votre santé, et fabriqué par une entreprise réputée. Essayez un produit environ un mois et si vous ne voyez aucune amélioration, le produit ne vous convient surement pas. Demandez conseil à votre médecin, afin de vous assurer qu’il n’existe pas de contre-indication en lien avec votre traitement médical.

À ce jour nous ne savons pas si la prise de probiotiques sous forme de complément alimentaire offre plus de bénéfices que les probiotiques naturellement contenus dans les aliments fermentés.

Bien qu’il existe certaines preuves que les probiotiques peuvent être bénéfiques pour les personnes souffrant de déséquilibres du microbiote intestinal, ou certaines maladies, il existe peu de preuves d’un effet positif chez les personnes en bonne santé.

Prébiotiques

Les prébiotiques sont des substrats sélectivement utilisés par les bactéries du système digestif conférant un effet positif sur la santé humaine. Le plus souvent, les prébiotiques sont des types de fibres solubles que notre organisme ne peut pas digérer, et qui servent à nourrir les bonnes bactéries de notre flore intestinale.

Les prébiotiques peuvent être obtenus naturellement à partir de sources alimentaires telles que les légumes, les fruits, et les céréales consommés dans notre alimentation. Parmi les aliments apportant le plus de prébiotiques, nous pouvons citer les oignons, l’ail, la banane, les myrtilles, l’artichaut, le brocoli, les champignons ou les asperges. Les prébiotiques sont aussi présents dans la plupart des fruits, des légumes, des légumineuses et des céréales complètes.

De plus, les prébiotiques peuvent être consommés dans certains aliments enrichis en prébiotiques, comme les céréales, les yaourts, le pain, ou en compléments alimentaires.

Les prébiotiques servent non seulement de source d’énergie, mais ont également plusieurs avantages pour la santé, tels que :

Améliorer la digestion, notamment le transit.
Réguler la glycémie.
Effets positifs sur certaines maladies, comme l’ostéoporose, le cancer du côlon, ou le diabète.
Améliorer l’abosrption de certains minéraux, notamment le calcium.
Favoriser la satiété et la perte de poids.

Consommer 5 grammes de prébiotiques par jour est le minimum recommandé pour la bonne santé.

Enfin, les symbiotiques sont des combinaisons sélectionnées de probiotiques et de prébiotiques qui agissent en synergie pour conférer un avantage pour la santé. La combinaison de bactéries du genre Bifidobacterium ou Lactobacillus avec des fructooligosaccharides dans les produits symbiotiques semble être la plus répandue. À ce jour, il n’existe pas suffisamment de preuves de leur efficacité sur la santé humaine.

Perte de poids et obésité

Le microbiote intestinal semble jouer un rôle dans la prise de poids et le développement de l’obésité. La plupart des études sur les personnes en surpoids ou obèses révèlent la présence d’une flore intestinale déséquilibrée, caractérisée par une plus faible diversité de bactéries. En effet, la diversité bactérienne du microbiote semble avoir un effet protecteur contre la prise de poids à long terme.

De nombreux mécanismes peuvent expliquer le lien entre un déséquilibre de la flore intestinale et la prise de poids :

Inflammation chronique et dérégulation immunitaire.
Perturbation de la régulation de l’appétit et du métabolisme.
Perturbations hormonales.
Altérations des comportements alimentaires, comme les “craquages” alimentaires.
Augmentation de la perméabilité de la paroi intestinale.

Certaines espèces bactériennes semblent manquer chez les personnes en surpoids ou obèses, comparativement à celles qui maintiennent un poids santé, notamment les Bifidobacterium et les Lactobacillus.

Restaurer sa flore intestinale s’avère donc une priorité pour les personnes souhaitant perdre du poids, ou maintenir leurs poids actuel. De plus, la perte de poids réalisée en consommant un régime alimentaire naturel, équilibré, et varié, sur plusieurs mois, peut avoir un impact sur l’augmentation de la diversité des espèces bactériennes du microbiote, et sur la réduction de la perméabilité intestinale. Ainsi, cela peut assurer un effet protecteur sur la reprise du poids perdu après un régime.

Enfin, la prise de probiotiques ou de symbiotiques pourrait aider à perdre du poids, en combinaison avec une restriction énergétique et/ou une activité physique accrue sur plusieurs semaines. Les bactéries du genre Lactobacillus et Bifidobacterium sont les plus recommandées, et sont celles qui ont montré les meilleurs résultats dans la perte de poids, chez les personnes en surpoids ou obèses.

À LIRE: Microbiote : les bonnes bactéries et probiotiques pour perdre du poids

Stress et dépression

L’organisme et ses bactéries intestinales ont développé de multiples façons de communiquer et de se réguler mutuellement. Ce système de communication est appelé l’axe intestin-cerveau. Ce système de communication fonctionne dans les deux sens : du cerveau vers le ventre et du ventre vers le cerveau. Cette communication est assurée via les neurones, les hormones, les cellules immunitaires, et les molécules produites par la flore intestinale.

Même si nous connaissons tous l’effet que peut avoir le stress sur la digestion, nous ne sommes souvent pas conscients des effets d’une perturbation de notre flore intestinale sur notre cerveau, nos émotions, et nos humeurs.

En effet, le microbiote intestinal influence fortement le fonctionnement du cerveau, et la santé mentale et cognitive. De ce fait, la mémoire, l’anxiété, le stress, la dépression, le moral, et les maladies neuro-dégénératives peuvent être influencés par l’équilibre de notre flore intestinale.

Le microbiote intestinal influence la production de nombreux neuro-transmetteurs, comme la sérotonine, et la dopamine. La sérotonine est impliquée dans le contrôle de l’humeur, de la cognition, du sommeil et de l’appétit. La dopamine contribue à l’éveil et la vigilance, ainsi qu’au comportement et à la cognition.

De plus, le stress psychologique et la dépression peuvent favoriser la consommation d’aliments transformés, gras, sucrés, et salés, influençant négativement le développement des bactéries intestinales. Également, le stress et la dépression peuvent remodeler la composition des bactéries intestinales par le biais des hormones du stress, et de l’inflammation..

À leur tour, les bactéries intestinales libèrent des métabolites, des toxines et des neurohormones qui peuvent modifier le comportement alimentaire et l’humeur. Les bactéries intestinales peuvent également réguler à la hausse la réactivité au stress et augmenter le risque de dépression, qui peut être atténuée notamment par la consommation de probiotiques.

À LIRE: Comment gérer son stress ? Les solutions

Microbiote intestinal et sport

L’activité physique régulière et le sport sont reconnus pour aider à réguler le poids, la sensibilité à l’insuline, l’activité métabolique, prévenir de nombreuses maladies, et contribuer à l’amélioration globale de la santé. En plus de ces effets bien connus, nous savons désormais que le sport est bénéfique pour la composition et la fonction du microbiote intestinal.

Pratiqué régulièrement, le sport permet d’augmenter la diversité microbienne, et la production de butyrate, un acide gras à chaine courte dont le rôle est capital pour le bon fonctionnement immunitaire notamment.

L’activité physique aide également à soulager certains troubles digestifs, en améliorant le transit, et en limitant l’inflammation chronique.

À l’inverse, un entraînement sportif irrégulier et trop intense peut contribuer à une dysbiose du microbiote intestinal, pouvant altérer les performances sportives. Pour prévenir ou restaurer cette dysbiose et favoriser la récupération des sportifs, l’intégration de probiotiques et de prébiotiques peut être conseillé, en plus d’observer des périodes de récupération.

Test de la flore intestinale

Les tests du microbiote intestinal sont effectués via le prélèvement d’un échantillon de selles. Contrairement à d’autres types de tests que vous pouvez effectuer à la maison à l’aide d’échantillons de sang ou de salive, il s’agit de tests fécaux qui nécessitent des échantillons de selles fraîches.

L’objectif principal de ce type de test de selles est d’analyser les bactéries et les déséquilibres potentiels de votre système gastro-intestinal. Ceci peut permettre de fournir des indices sur des conditions inflammatoires potentielles ou des maladies auto-immunes, telles que le syndrome de l’intestin irritable, la maladie coeliaque, ou la maladie de Crohn.

Avant d’effectuer ce genre d’analyses, discutez-en avec votre médecin. Si vous décidez d’essayer un test à domicile, assurez-vous de partager les résultats avec votre médecin afin qu’il puisse déterminer les prochaines étapes appropriées, ainsi que la validité du test effectué.

D’autres questions après la lecture de cet article ? N’hésitez pas à m’écrire vos questions et commentaires en bas de la page.

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Ressources scientifiques :

Microbiote intestinal (flore intestinale) : tout ce qu’il faut savoir

Qu’est-ce que le microbiote ?

Composition du microbiote intestinal